31 декабря 1996 года Генпрокуратура возбудила дело против главы Марий Эл Владислава Зотина в связи с превышением им полномочий и препятствованием осуществлению избирательных прав граждан. Поводом послужил указ Владислава Зотина от 20 декабря 1996 года об отмене назначенных на 22 декабря выборов президента и парламента республики. Выборы прошли в срок, и Владислав Зотин их проиграл. 14 мая 1997 года дело прекращено по состоянию здоровья обвиняемого и в связи с тем, что "указ не имел серьезных последствий".
В октябре 2000 года возбуждено уголовное дело против губернатора Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры в Курске. Через несколько дней — 22 октября 2000 года — губернатор был отстранен от участия в выборах главы области в связи с предоставлением "недостоверных сведений об имуществе". В январе 2002 года райсуд Курска признал приватизацию законной, но с нарушениями и постановил приватизировать жилье повторно.В октябре 2000 года возбуждено дело против губернатора Смоленской области Александра Прохорова в связи с превышением полномочий. Губернатор подозревался в хищениях и организации незаконных схем финансирования дорожного строительства. В мае 2002 года Александр Прохоров проиграл выборы. 30 января 2003 года ему предъявлено обвинение, 23 сентября дело передано в суд.
В январе 2002 года прокуратура Ненецкого АО возбудила дело против губернатора Ненецкого АО Владимира Бутова в связи со "злоупотреблением служебным положением" при закупках топлива для региона. 10 апреля 2002 года против него возбуждено дело в связи с отказом исполнять решение арбитража Москвы о выдаче лицензии на освоение Мусюшорского нефтяного месторождения. В декабре 2002 года Генпрокуратура закрыла оба дела из-за "реабилитирующих обвиняемого обстоятельств". 22 апреля 2003 года против губернатора Бутова возбуждено еще одно дело — теперь по статье 318 УК РФ ("Насилие в отношении представителя власти"). Владимир Бутов обвиняется в избиении инспектора ГИБДД в Санкт-Петербурге. 19 января 2004 года дело передано в суд, 25 марта начались слушания.
25 апреля 2002 года возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Михайлова по обвинению в растрате госсредств и мошенничестве при покупке жилья. По данным следствия, губернатор потратил на покупку квартиры в Курске из бюджета области 1,5 млн руб. 27 января 2003 года дело закрыто за отсутствием состава преступления.
30 сентября 2003 года прокуратура обвинила губернатора Тверской области Владимира Платова в превышении полномочий и нанесении бюджету ущерба на 463 млн руб. По данным следствия, в 2002 году он инициировал эмиссию облигаций на заведомо невыгодных для региона условиях. С Владимира Платова взята подписка о невыезде. 7 декабря 2003 года он проиграл выборы. 2 марта 2004 года следствие завершено, 14 мая дело передано в суд.
27 октября 2003 года возбуждено дело против губернатора Камчатской области Михаила Машковцева по обвинению в преступной халатности в связи с необеспечением подготовки области к отопительному сезону. 17 марта 2004 года против губернатора возбуждено дело в связи с превышением полномочий при выдаче безлимитных разрешений на лов лосося в 2002 году. 29 марта прокуратура объединила дела. Совокупный ущерб был оценен в 7 млрд руб. Идет следствие.